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El topónimo "muela" se origina en el latino "mola", que da ese significado castellano, que es un "cerro escarpado por la parte alta y cumbre muy pequeña pero plana". En el siglo XIII aparece escrito así: "Villa de Molis", "Villamolas", "Villamuelas".

Este pueblo va unido a la alquería de "Cerva Longa", la cual se fue despoblando en beneficio de Villamuelas. Se sitúa muy cerca del río Algodor, lo que hizo que se convirtiese en un paraje insano y, de ahí, su despoblación. El arzobispo Jiménez de Rada poseía varias propiedades en Cerva Longa y, en 1211. Don Juan de Setfila, en nombre del arzobispo primado de España, adquiría a don Illán Pérez, hijo de don Pedro, tierras en las referidas alquerías. Estas habían sido de Gonzalo Pérez (posteriormente fue arzobispo), hijo de don Pedro el Polichení. Por las adquisiciones que hizo el arzobispo Jiménez de Rada, perteneció nuestro pueblo a la mitra toledana, hasta que por el año 1583 Felipe II vendió la villa a don Álvaro de Alcocer. (Fte.-Texto Diputacion ver link)